GMIT perduli terhadap pelayanan di Lembaga Permasyarakatan. Itulah sebabnya GMIT menempatkan karyawan pendetanya untuk melayani di sana. Kehadiran pendeta di tengah pergumulan warga binaan yang ada di LP menjadi faktor yang berdampak pada pembinaan rohani. Bagaimanapun panggilan gereja adalah hadir untuk mereka yang terbuang dan dipenjara.
Kebutuhan akan ditambahnya tenaga pendeta yang melayani di Lembaga-lembaga Permasyarakatan semakin besar. Ini dikarenakan telah dibangunnya LP Wanita dan Rumah Tahanan. Sebelumnya yang ada di Kota Kupang hanya LP Dewasa dan LP Anak. Keadaan ini mendorong Majelis Sinode GMIT untuk menambah tenaga pendeta untuk melayani di LP. Namun GMIT tetap membutuhkan Nota Kesepahaman bersama yang mengikat.
Harapan GMIT adalah pelayanan gereja dilakukan di LP yang ada di seluruh wilayah GMIT. Untuk itu GMIT melakukan perjanjian kerjasama yang memiliki dasar hukum dengan Kantor Wilayah Kementrian Hukum dan HAM. Maka lahirnya
Nota kesepakatan yang tertuang dalam MOU yang mengijinkan Sinode GMIT untuk melakukan pelayanan rohani di semua Lembaga-Lembaga Permasyarakatan dan Rumah Tahanan Negara di NTT.
Pada hari Rabu, 17 April 2013, pukul 14.00 Wita, Wakil Sekretaris MS, Pdt. Marselintje Ay-Touselak, S.Th mewakili Majelis Sinode menandatangani MOU tersebut. Sementara Kepala Kantor Wilayah Kementrian Hukum dan Ham, Leo Detri, SH, MH, bertindak untuk dan atas nama Kantor Wilayah Kementrian Hukum dan HAM NTT.
Penandatangan berlangsung di ruang kerja Kakanwil Kementrian Hukum dan Ham. Wasek MS GMIT didampingi beberapa staf Kantor Sinode. Kakanwil Kemenkum HAM didampingi para Kepala Bidangnya.
Dalam sambutannya, Leo Detri, mengatakan, “Ini harapan kami agar kiranya Nota Kesepahaman yang dibuat oleh kedua lembaga dapat meningkatkan pelayanan pada LP dan Rutan yang ada di seluruh wilayah NTT melalui penempatan tenaga pendeta GMIT.”
Sementara itu, Pdt. Marselintje, mengatakan, “Panggilan gereja adalah melayani semua anggota gereja yang membutuhkan pelayanan, terlebih mereka yang ada di LP. Kiranya dengan adanya MOU dapat meningkatkan iman dan spiritualitas narapidana dan tahanan melalui pelayanan kerohanian yang dilaksanakan oleh GMIT dalam ruang lingkup yang telah ditentukan.