Yayasan Usaha Pendidikan Kristen (YUPENKRIS) yang dibentuk oleh GMIT sejak tahun 1967 diberi tugas untuk mengelola sekolah-sekolah milik GMIT sebagai penjabaran misi eklesiologis pedagogis GMIT. Namun dalam perjalananya selama puluhan tahun Yupenkris mengalami aneka masalah yang menyebabkan keadaan sebagian besar sekolah-sekolah GMIT sangat memprihatinkan. Guna mengatasi persoalan itu sejak tahun 2014 YUPENKRIS diliguidasi menjadi 13 Yapenkris di beberapa teritori yakni, Rote, Alor, Sabu, TTS, Flores dan Kupang yang membawahi 564 sekolah dari TK, SD, SMP, SMA dan SMK. Melalui desentralisasi yayasan itu diharapkan kualitas pendidikan sekolah-sekolah GMIT lebih baik dari masa sebelumnya.
Pada sidang sinode GMIT ke-33 di Rote September 2015, Majelis Sinode GMIT periode 2015-2019 didorong untuk sesegera mungkin membenahi sekolah-sekolah GMIT. Langkah pembenahan itu diawali dengan pertemuan raya Yayasan Pendidikan Kristen (YAPENKRIS) GMIT, yang berlangsung di Kabupaten Alor pada 14-17 September 2016. Pertemuan raya ini menghadirkan peserta dari para pembina, pengawas dan pengurus 13 Yayasan Pendidikan Kristen (Yapenkris), para kepala sekolah dan pendeta-pendeta se-klasis Alor dan Pantar.
Dengan mengusung tema “ Yesus Kristus adalah Tuhan “ dan Sub Tema : Dalam Pengakuan Iman Yesus Kristus adalah Tuhan kita Terpanggil Menata Lembaga Pendidikan GMIT untuk Membangun Sumber Daya Manusia NTT yang berkualitas dan Berkarakter Kristus “ pertemuan raya ini diharapkan mencapai beberapa tujuan diantaranya: Menghasilkan rekomendasi baik kepada pemerintah, Yapenkris maupun jemaat-jemaat GMIT untuk terus berkontribusi bagi pengembangan pendidikan Kristen yang ada dalam lingkup GMIT, mendorong sekolah-sekolah untuk mengutamakan pengembangan karakter dalam semua proses pendidikan di sekolah baik dalam intrakurikuler maupun ekstra kurikuler, mendorong tiap Yapenkris untuk membentuk sekolah model di tiap Yapenkris sesuai amanat keputusan Sidang Sinode Rote, Mendorong setiap Yapenkris untuk melakukan penataan Yapenkris baik dari visi-misi, starategi dan nilai-nilai yang mendasari pelayanan di Yapenkris dan terbangunnya pemahaman yang sama di sekitar pola hubungan Yapenkris dengan gereja dalam hal ini GMIT sebagai pendiri dan pemilik Yapenkris.
Pertemuan raya ini juga akan dihadiri oleh Bupati Alor, TTS, Sabu-Raijua, Kupang, walikota Kupang dan Rote-Ndao. Ketua Sinode GMIT, Pdt. Dr. Mery L. Y Kolimon akan membuka kegiatan Pertemuan raya ini pada kebaktian Pembukaan yang akan berlangsung Selasa 14/9 di Aula Jemaat Pola Tribuana Kalabali.